発行したWEB請求書を「取り下げる」ことはできますか？

はい、できます。督促オートメーション中であっても、請求は取り下げできます。もちろん取り下げると送付済のWEB請求書（オンライン決済ページ）も無効になりますので、誤って支払いが行われることもありません。